Web建立索引 建立基因组索引:hisat2-build –p 4 genome.fa genome 建立基因组+转录组+SNP索引: hisat2提供了两个python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件 extract_exons.py genome.gtf > genome.exon extract_splice_sites.py genome.gtf > genome.ss 另外,分析SNP可以将其信息加入至索引中。 extract_snps.py snp.txt > … Web此外,HISAT2还支持将SNP信息加入到索引中,这样比对的时候就可以考虑SNP的情况。. 这仍然需要将SNP文件转换成hisat2-build能使用的文件:. extract_snps.py …
RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2
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Manual HISAT2
WebAug 7, 2024 · 1 Answer. [E::idx_find_and_load] Could not retrieve index file for 'gill.sorted.bam'. Means that you have not generated an index for a BAM file. This needs to be done for most downstream processing of BAM files: # generate index samtools index gill.sorted.bam # count genes htseq-count -f bam --strand=no gill.sorted.bam yyy.gtf > gill … http://daehwankimlab.github.io/hisat2/hisat-3n/ WebGitHub - DaehwanKimLab/hisat2: Graph-based alignment (Hierarchical Graph FM index) DaehwanKimLab / hisat2 Public master 38 branches 7 tags Go to file imzhangyun Merge pull request #364 from DaehwanKimLab/master_webpage_update 5086938 on Mar 16, 2024 1,496 commits Failed to load latest commit information. docs docs_jhu evaluation … htct370 remote